Neu auf der BIOTECHNICA 01: Datenbank vergleicht Ähnlichkeiten von Biosequenzen
Derzeit sind in DGENE rund 435.000 Aminosäure- und über 770.000 Nukleinsäuresequenzen (DNA, RNA) gespeichert. Die Nachweise enthalten neben den Sequenzinformationen bibliographische Angaben, von Derwent vergebene Titel, Abstracts und eine ausführliche Indexierung. Die Informationen stammen aus Schutzrechtsdokumenten ab dem Jahr 1981. Über die Hälfte der in DGENE vorhandenen Sequenzdaten sind in keiner anderen öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbank verfügbar. Für die Sequenzsuche stehen verschiedene Optionen zur Verfügung, darunter nun auch die Homologie-Suche von Aminosäure- und Nukleinsäuresequenzen.
Am Zuwachs der Einträge in DGENE innerhalb der letzten Jahre lässt sich ein explosionsartiger Anstieg der Biosequenzforschung und damit die wirtschaftliche Bedeutung dieses Zweiges ablesen: 1990 wurden gerade einmal 6.500 Sequenzen neu in der Datenbank verzeichnet. 1997 waren es bereits 84.000. 1999 kamen in 12 Monaten 214.000 Sequenzen neu hinzu und im Jahr 2000 ist die Zahl der Neueinträge auf rund 230.000 gestiegen. Insgesamt sind im Nachweiszeitraum von 20 Jahren knapp 750.000 Sequenzen in der Patentliteratur erschienen. Es sind alle Nukleinsäuresequenzen erfasst, die eine Länge von mehr als neun Basen aufweisen, sowie alle Proteinsequenzen mit mehr als drei Aminosäuren.
Neben der Einzigartigkeit der gespeicherten Daten ist DGENE vor allem auch durch seine leistungsstarken Suchfunktionen für die Forschung hoch interessant. Die Nutzer von DGENE wollten ein differenzierteres Recherchewerkzeug zur Homologiesuche. Das hat ihnen der vom FIZ Karlsruhe mitbetriebene weltweite Informationsverbund STN International in enger Zusammenarbeit mit dem Patentdatenbankhersteller Derwent Information Ltd. an die Hand gegeben.
DGENE verarbeitet als Fragestellung Ketten bis zu 2.000 Zeichen. Der Befehl "GETSEQ" bringt in relativ kurzer Zeit exakte Übereinstimmungen zwischen der als Anfrage eingegebenen Sequenz und den gespeicherten Sequenzen an den Tag. Die Datenbank kann aber auch Ähnlichkeiten ermitteln. Dafür steht die Funktion "GETSIM" (similarity/homology search) bereit. Aktiviert man diese Suchfunktion, überprüft DGENE (bzw. GETSIM), ob zwischen den gespeicherten Sequenzen und einer neu eingegebenen Sequenz größere Übereinstimmungen im Kettenaufbau vorliegen.
Als Antwort auf die Suche liefert die Datenbank zunächst eine Liste von Kandidaten mit Sequenzen, die eine gewisse Ähnlichkeit zu der gesuchten Sequenz überschritten haben. Diese Dokumente kann man sich mit einem Display-Befehl entweder vollständig oder in verschiedenen Teilformaten anzeigen lassen, zum Beispiel nur die Aminosäuresequenz, nur den Titel, nur den Patentanmelder oder nur das Abstract. Abstract und ein gut verständlicher Titel werden von Fachleuten bei Derwent Information geschrieben, um die ursprüngliche Patentfachsprache der Quell-Literatur in eine für die Fachwelt leicht verständliche Ingenieurssprache zu "übersetzen".
Ein detailliertes Datenblatt zu DGENE kann abgerufen werden unter:
http://www.stn-international.de/...databases/databases/dgene.html
Interessenten erhalten weitere Informationen über:
Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe
STN Europa
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